קברי הסנהדרין נמצאים בגן קטן בלב שכונת סנהדרייה החרדית בירושלים. בין הקברים הרבים מתקופת בית שני החצובים בסלע, מקשרים שבילים מוצלים.
הערבים כינו את המקום בשם "קברי השופטים".
המערה עצמה הייתה ידועה בעם ישראל מאז שנת 1235 עת ביקר במערה רבי יעקב השליח, שהזכיר את הקברים בין "קברי הצדיקים" שראה במסעותיו לגיוס כסף לישיבה (אולי בפאריס). רבי יעקב מתאר "קבר שבו קבורים חכמים רבים, מבנה יפה מאוד, מערה בתוך מערה".
בשנת 1450 זיהה רבי יעקב הלוי את הקברים האלה כקברי הסנהדרין, וציור משנת 1659 מגלה מבנה יפהפה עם שורת עמודים מקושתת. המבנה כבר חרב מזמן, אבל המאמינים מניחים עדיין פתקי תפילה בפתחי הקבר, שמבט דרכם מגלה, לא רק מנהגי קבורה קדומים, אלא גם את כוחם של זיכרון ומסורת.