חלק גדול מההיסטוריה, מהמסורת ומהמנהגים של צפת קשור קשר הדוק לקברו של רבי פנחס בן-יאיר, הנזכר בסיפורי הנוסעים שהגיעו לארץ ישראל מאז המאה ה-17.
רבי פנחס היה חותנו של רבי שמעון בר-יוחאי, אחד מחכמי המשנה שחי במאה השנייה, השתתף במרד ברומאים, ולפי המסורת – חיבר את ספר הזוהר, הספר המרכזי של זרם הקבלה. פתקי תפילה ובקשה תלויים בשקיות פלסטיק על ענפי עץ תאנה גדול הנטוע ליד הקבר, הנמצא סמוך לכניסה הראשית לחלק החדש של בית העלמין של צפת. שני חלקים של מצבתו של רבי פנחס קשורים לכך שנודע בצניעותו הרבה. ראשית, על המצבה קבוע רק לוח קטן, מודרני המזהה את הקבר.
רבי פנחס עצמו ביקש שלא יותקן כל ציון, מאחר שאמר שאנשים צריכים "להיכתב" לפי המעשים שעשו בחייהם. שנית, רבי פנחס הורה לתלמידיו שלא לעמוד בתפילה ליד קברו, אבל הם לא יכלו להימנע מלבוא לקבר מורם האהוב. לפיכך, במקום לעמוד בדממה, הם נהגו להקיף את מקום קבורתו שבע פעמים, לקרוא פרקי תהילים ולהתפלל.
מסורת זו נשמרת ליד הקבר עד היום.