בית הכנסת האר"י הספרדי הוא בית הכנסת העתיק ביותר בצפת. במקורו הוקדש לאליהו הנביא, כמעט 300 שנה לפני שהאר"י (רבי יצחק לוריא) בא לצפת במאה ה-16. מסופר שהאר"י התפלל כאן. אפשר לראות שם פינה שבה, לפי המסופר, נועד האר"י ביחידות עם אליהו הנביא.
בשנת 2005 ביצעה רשות העתיקות עבודות שיקום ושימור של החזית הצפונית הראשית של בית הכנסת. משני עבריה של דלת הכניסה שבחזית זו, קבועות גומחות, המיועדות כנראה למנורות. את העיטורים הכחולים שבתוך בית הכנסת מייחסים להשפעות התקופה שבה חיו היהודים בספרד המורית, שם נחשב הצבע הכחול לקדוש.
שני החלקים החשובים ביותר בית הכנסת הבנוי כאמור בסגנון יהודי ספרד, הם הקיר הדרומי – הקרוב ביותר לירושלים – שבו קבוע ארון הקודש (במקרה זה שלושה ארונות קודש) והבימה המרכזית, המוגבהת. במלחמת השחרור, בשנת 1948, קבעו אנשי ההגנה עמדת הגנה על גג המבנה דמוי המצודה, שספרי התורה הוצאו ממנו זמנית וחרכי ירי נפתחו בקיר הדרומי שלו. קהילת המתפללים הרגילה של בית הכנסת כוללת אחדות מהמשפחות הוותיקות ביותר בצפת, ונוסח התפילות עתיק ואותנטי מאוד.
תפילת השבת מתחילה ב-7:45 בבוקר. זמני התפילה האחרים אינם קבועים.